La historia se desarrolla en un Japón alternativo, donde la magia tradicional, el Onmyoudou, es una disciplina científica y militarizada utilizada para combatir peligrosas anomalías y espíritus que amenazan a la sociedad. Siguiendo la vida del joven Harutora Tsuchimikado, un joven perteneciente a una prestigiosa dinastía de exorcistas que, a diferencia del resto de su prominente clan, nació completamente desprovisto de sensibilidad o talento mágico.

Resignado a llevar una vida pacífica y ordinaria en el campo junto a sus amigos, sus planes cambian drásticamente cuando se reencuentra con Natsume, su amiga de la infancia y prodigiosa heredera de la familia principal. Tras ello, ocurre un evento traumático provocado por una amenaza espiritual, haciendo que, el protagonista, tome la decisión de convertirse en el familiar de Natsume, lo que le otorga la posibilidad de ver ese mundo espiritual, abandonando así su vida tranquila y trasladándose a Tokio para matricularse en una prestigiosa academia de magia militar, donde enfrentara diversas amenazas, secretos, intrigas políticas y cultos fanáticos ¿Será capaz de proteger a su amiga de la infancia? ¿A quien buscará esos fanáticos?